ロシア風邪とHCoVｰOC43

1889〜1895年まで6年も流行を繰り返し、100万人以上が亡くなったパンデミックがありました。

概ね正しいというレベルなのですが、これはHCoVｰOC43が原因である可能性が高いと言われています。HA2もしくはHA3によるインフルエンザAが原因であるという説もありますが、神経向性が強かったことと、遺伝子時計からOC43の起源が1890年頃と推定されているため、インフルエンザ説より信憑性が高いと思います。

ワクチンの無かった時代には6年もかかって集団免疫が成立したわけです。

しかし現代は(人口密度が高いという不利さはありますが)ワクチンがあるため、もう少し短い期間で収束するでしょう。

（2021/08/09 管理者記載）

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2つのコロナウイルスのグループである、ヒトコロナウイルスOC43（HCoV-OC43）とウシコロナウイルス（BCoV）は、顕著な抗原的および遺伝的類似性を示します。この研究では、プロトタイプHCoV-OC43株（ATCC VR759）の最初の完全なゲノム配列（30,738ヌクレオチド）を報告します。完全なゲノムおよびopen reading frame（ORF）分析によって、BCoVゲノムと比較しました。スパイクと膜タンパク質遺伝子の間の領域には、BCoV ORFns4.9およびns4.8の不在に対応する290ヌクレオチドの欠失が存在します。ヌクレオチドおよびアミノ酸の類似性のパーセンテージは、主要なHCoV-OC43ORFおよび他の2つのコロナウイルスのグループのORFについて決定されました。

E遺伝子を除くすべてのORFにおいて、HCoV-OC43とBCoVの間に最高度の類似性が示されています。 BCoVおよびHCoV-OC43のスパイク遺伝子配列の分子時計分析は、比較的最近の人獣共通感染症の伝達イベントを示唆し、それらの最新の共通祖先は1890年頃に遡ることが推定されました。

Complete Genomic Sequence of Human Coronavirus OC43: Molecular Clock Analysis Suggests a Relatively Recent Zoonotic Coronavirus Transmission Event

Leen Vijgen, Els Keyaerts, Elien Moës, Inge Thoelen, Elke Wollants, Philippe Lemey, Anne-Mieke Vandamme, and Marc Van Ranst marc.vanranst@uz.kuleuven.ac.be AUTHORS INFO & AFFILIATIONS

DOI: https://doi.org/10.1128/JVI.79.3.1595-1604.2005

https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.79.3.1595-1604.2005

ABSTRACT

Coronaviruses are enveloped, positive-stranded RNA viruses with a genome of approximately 30 kb. Based on genetic similarities, coronaviruses are classified into three groups. Two group 2 coronaviruses, human coronavirus OC43 (HCoV-OC43) and bovine coronavirus (BCoV), show remarkable antigenic and genetic similarities. In this study, we report the first complete genome sequence (30,738 nucleotides) of the prototype HCoV-OC43 strain (ATCC VR759). Complete genome and open reading frame (ORF) analyses were performed in comparison to the BCoV genome. In the region between the spike and membrane protein genes, a 290-nucleotide deletion is present, corresponding to the absence of BCoV ORFs ns4.9 and ns4.8. Nucleotide and amino acid similarity percentages were determined for the major HCoV-OC43 ORFs and for those of other group 2 coronaviruses. The highest degree of similarity is demonstrated between HCoV-OC43 and BCoV in all ORFs with the exception of the E gene. Molecular clock analysis of the spike gene sequences of BCoV and HCoV-OC43 suggests a relatively recent zoonotic transmission event and dates their most recent common ancestor to around 1890. An evolutionary rate in the order of 4 × 10−4 nucleotide changes per site per year was estimated. This is the first animal-human zoonotic pair of coronaviruses that can be analyzed in order to gain insights into the processes of adaptation of a nonhuman coronavirus to a human host, which is important for understanding the interspecies transmission events that led to the origin of the severe acute respiratory syndrome outbreak.