SARS-CoV-2変異株で軽症化
遺伝子のオープンリーディングフレーム（ORF）8領域に382ヌクレオチド欠損（Δ382）を認める新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）変異体の感染者は、症状が軽症であることが明らかにされた。
シンガポール・国立感染症センターのBarnaby E. Young氏らによる観察コホート試験の結果で、著者は「観察されたORF8における欠損の臨床的影響は、治療やワクチン開発に影響を与えるものと思われる」と述べている。
ORF8領域にΔ382を有するSARS-CoV-2遺伝子変異体は、シンガポールおよびその他の国でも検出されていた。
Lancet誌オンライン版2020年8月18日号掲載の報告。
Δ382変異体感染者と野生型感染者の低酸素症の発生を比較
研究グループは、シンガポールの公立病院7ヵ所で2020年1月22日～3月21日に、PCR検査によりSARS-CoV-2感染が確認された患者のうち、Δ382変異のスクリーニングを受けた患者を後ろ向きに特定し、それら患者を集めた前向きコホート試験「PROTECT試験」を行った。
被験者の臨床情報や臨床検査・放射線検査データを、電子カルテおよび入院中・退院後に採取された血液・呼吸器検体情報から収集して、Δ382変異体感染者と野生型SARS-CoV-2感染者を比較。精確ロジスティック回帰法を用いて群間の関連性と、酸素補充療法を要する低酸素症の発生（主要エンドポイントで重症COVID-19の指標）について調べた。
低酸素症発生リスク、Δ382変異体群は野生型群より低い
278例がPCR検査でSARS-CoV-2への感染が確認され、Δ382変異のスクリーニングを受けていた。そのうち131例がPROTECT試験に登録。92例（70％）が野生型に感染、10例（8％）が野生型とΔ382変異体の混合感染で、29例（22％）がΔ382変異体に感染していた。
酸素補充療法を要する低酸素症の発生率は、Δ382変異体感染群が野生型感染群よりも低率だった。Δ382変異体感染群は0％（0/29例）、野生型感染群は28％（26/92例）で絶対群間差は28％（95％信頼区間[CI]：14～28）だった。年齢や併存疾患について補整後、Δ382変異体感染群の酸素補充療法を要する低酸素症の発生に関するオッズは、野生型感染群と比べてより低かった（補正後オッズ比：0.07、95％CI：0.00～0.48）
Effects of a major deletion in the SARS-CoV-2 genome on the severity of infection and the inflammatory response:
an observational cohort study
Lancet. 2020 Aug 18; pii: S0140-6736(20)31757-8.
Barnaby E Young, Siew-Wai Fong, Yi-Hao Chan, Tze-Minn Mak, Li Wei Ang, Danielle E Anderson, Cheryl Yi-Pin Lee, Siti Naqiah Amrun, Bernett Lee, Yun Shan Goh, Yvonne C F Su, Wycliffe E Wei, Shirin Kalimuddin, Louis Yi Ann Chai, Surinder Pada, Seow Yen Tan, Louisa Sun, Purnima Parthasarathy, Yuan Yi Constance Chen, Timothy Barkham, Raymond Tzer Pin Lin, Sebastian Maurer-Stroh, Yee-Sin Leo, Lin-Fa Wang, Laurent Renia, Vernon J Lee, Gavin J D Smith, David Chien Lye, Lisa F P Ng
Abstract
BACKGROUND :
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants with a 382-nucleotide deletion (∆382) in the open reading frame 8 (ORF8) region of the genome have been detected in Singapore and other countries. We investigated the effect of this deletion on the clinical features of infection.
METHODS :
We retrospectively identified patients who had been screened for the ∆382 variant and recruited to the PROTECT study-a prospective observational cohort study conducted at seven public hospitals in Singapore. We collected clinical, laboratory, and radiological data from patients' electronic medical records and serial blood and respiratory samples taken during hospitalisation and after discharge. Individuals infected with the ∆382 variant were compared with those infected with wild-type SARS-CoV-2. Exact logistic regression was used to examine the association between the infection groups and the development of hypoxia requiring supplemental oxygen (an indicator of severe COVID-19, the primary endpoint). Follow-up for the study's primary endpoint is completed.
FINDINGS :
Between Jan 22 and March 21, 2020, 278 patients with PCR-confirmed SARS-CoV-2 infection were screened for the ∆382 deletion and 131 were enrolled onto the study, of whom 92 (70%) were infected with the wild-type virus, ten (8%) had a mix of wild-type and ∆382-variant viruses, and 29 (22%) had only the ∆382 variant. Development of hypoxia requiring supplemental oxygen was less frequent in the ∆382 variant group (0 [0%] of 29 patients) than in the wild-type only group (26 [28%] of 92; absolute difference 28% [95% CI 14-28]). After adjusting for age and presence of comorbidities, infection with the ∆382 variant only was associated with lower odds of developing hypoxia requiring supplemental oxygen (adjusted odds ratio 0·07 [95% CI 0·00-0·48]) compared with infection with wild-type virus only.
INTERPRETATION :
The ∆382 variant of SARS-CoV-2 seems to be associated with a milder infection. The observed clinical effects of deletions in ORF8 could have implications for the development of treatments and vaccines.